São Paulo de Olivença tem uma origem muito antiga dentro da ocupação do Alto Solimões. A localidade surgiu a partir de uma missão religiosa fundada em 1689, ligada ao trabalho missionário na região amazônica, em um período marcado pela presença de povos indígenas e pelas disputas de influência entre portugueses e espanhóis na fronteira amazônica. O nome do município faz referência a São Paulo Apóstolo e a Olivença, numa herança histórica associada à missão e à tradição ibérica na região.
Ao longo do século XVIII, o núcleo foi se consolidando administrativamente. Segundo o IBGE, o lugar foi criado como distrito em 1759 com a denominação de São Paulo de Olivença. Depois, foi elevado à categoria de vila em 1817, passando a ocupar maior importância na organização territorial da região do Alto Solimões. Em 1833, perdeu essa condição, mas mais tarde voltou a se reorganizar administrativamente.
A criação oficial do município ocorreu por meio da Lei Provincial nº 83, de 4 de abril de 1852, data que marca a formação institucional de São Paulo de Olivença como município amazonense. Desde então, o território teve papel importante na história do interior do Amazonas, especialmente por sua posição estratégica no Alto Solimões e por sua forte relação com comunidades indígenas e ribeirinhas.
Com o passar do tempo, São Paulo de Olivença desenvolveu uma identidade cultural própria, muito ligada às tradições religiosas, às manifestações populares e à diversidade dos povos da região. Até hoje, o município preserva essa herança histórica, sendo reconhecido como um dos núcleos mais antigos do Alto Solimões.